| 1 | 新宿駅京王電鉄 京王線・小田急小田原線・東京メトロ丸ノ内線 ほか ・ 新宿区 | 3,656,098人2018〜2024年度 |
| 2 | 渋谷駅京王井の頭線・東京メトロ半蔵門線・東京メトロ副都心線 ほか ・ 渋谷区 | 3,539,484人2011〜2024年度 |
| 3 | 池袋駅東京メトロ丸ノ内線・東京メトロ有楽町線・JR山手線 ほか ・ 豊島区 | 2,364,011人2024年度 |
| 4 | 横浜駅京浜急行電鉄 京急本線・東急東横線・JR東海道本線 ほか ・ 横浜市 | 2,303,310人2018〜2024年度 |
| 5 | 北千住駅東京メトロ日比谷線・東京メトロ千代田線・JR常磐線 ほか ・ 足立区 | 1,434,911人2024年度 |
| 6 | 東京駅東京メトロ丸ノ内線・東北新幹線・JR東北本線 ほか ・ 千代田区 | 1,262,604人2024年度 |
| 7 | 西船橋駅東京メトロ東西線・JR京葉線・JR武蔵野線 ほか ・ 船橋市 | 939,146人2018〜2024年度 |
| 8 | 品川駅京浜急行電鉄 京急本線・JR山手線・JR東海道本線 ほか ・ 港区 | 892,969人2024年度 |
| 9 | 東京駅JR京葉線 ・ 千代田区 | 869,128人2024年度 |
| 10 | 綾瀬駅東京メトロ千代田線・JR常磐線 ・ 足立区 | 839,288人2018〜2024年度 |
| 11 | 名古屋駅名古屋市営地下鉄東山線・名古屋市営地下鉄桜通線・西名古屋港線 ほか ・ 名古屋市 | 823,403人2024年度 |
| 12 | 高田馬場駅東京メトロ東西線・JR山手線・西武新宿線 ・ 新宿区 | 809,212人2024年度 |
| 13 | 新橋駅東京臨海新交通臨海線・東京メトロ銀座線・都営浅草線 ほか ・ 中央区 | 787,769人2024年度 |
| 14 | 大阪駅JR大阪環状線・JR東海道本線 ・ 大阪市 | 751,006人2024年度 |
| 15 | 押上駅京成押上線・東京メトロ半蔵門線・都営浅草線 ほか ・ 墨田区 | 749,588人2018〜2024年度 |
| 16 | 大宮駅埼玉新都市交通 伊奈線・上越新幹線・JR川越線 ほか ・ さいたま市 | 685,073人2024年度 |
| 17 | 秋葉原駅東京メトロ日比谷線・JR東北本線・JR総武本線 ほか ・ 千代田区 | 678,406人2024年度 |
| 18 | 京都駅京都市営地下鉄烏丸線・東海道新幹線・JR奈良線 ほか ・ 京都市 | 638,631人2024年度 |
| 19 | 新大阪駅Osaka Metro御堂筋線・東海道新幹線・JRおおさか東線 ほか ・ 大阪市 | 596,750人2018〜2024年度 |
| 20 | 目黒駅東京メトロ南北線・都営三田線・東急目黒線 ほか ・ 品川区 | 565,824人2024年度 |
| 21 | 博多駅九州新幹線・JR鹿児島本線・福岡市地下鉄空港線 ほか ・ 福岡市 | 542,788人2013〜2024年度 |
| 22 | 上野駅東京メトロ日比谷線・東京メトロ銀座線・東北新幹線 ほか ・ 台東区 | 529,457人2024年度 |
| 23 | 池袋駅東京メトロ副都心線 ・ 豊島区 | 518,135人2024年度 |
| 24 | 天王寺駅Osaka Metro御堂筋線・Osaka Metro谷町線・JR大阪環状線 ほか ・ 大阪市 | 511,134人2024年度 |
| 25 | 小竹向原駅東京メトロ副都心線・東京メトロ有楽町線・西武有楽町線 ・ 練馬区 | 505,419人2018〜2024年度 |
| 26 | 金山駅名古屋市営地下鉄名城線・名古屋市営地下鉄名港線 ほか ・ 名古屋市 | 460,811人2024年度 |
| 27 | 町田駅小田急小田原線・JR横浜線 ・ 町田市 | 458,864人2024年度 |
| 28 | 大阪梅田駅阪急宝塚線・阪急神戸線 ・ 大阪市 | 451,568人2024年度 |
| 29 | 武蔵小杉駅東急東横線・JR南武線 ・ 川崎市 | 431,702人2024年度 |
| 30 | 梅田駅Osaka Metro御堂筋線 ・ 大阪市 | 420,718人2024年度 |
| 31 | 蒲田駅東急多摩川線・東急池上線・JR東海道本線 ・ 大田区 | 408,525人2024年度 |
| 32 | 中野駅東京メトロ東西線・JR中央本線 ・ 中野区 | 406,312人2024年度 |
| 33 | 京橋駅京阪電気鉄道 京阪本線・Osaka Metro長堀鶴見緑地線・JR東西線 ほか ・ 大阪市 | 397,033人2024年度 |
| 34 | 大手町駅東京メトロ半蔵門線・東京メトロ丸ノ内線・東京メトロ東西線 ほか ・ 千代田区 | 396,194人2024年度 |
| 35 | 有楽町駅東京メトロ有楽町線・JR東海道本線 ・ 千代田区 | 392,785人2024年度 |
| 36 | 川崎駅JR南武線・JR東海道本線 ・ 川崎市 | 388,782人2024年度 |
| 37 | 藤沢駅小田急江ノ島線・JR東海道本線・江ノ島電鉄線 ・ 藤沢市 | 388,269人2024年度 |
| 38 | 吉祥寺駅京王井の頭線・JR中央本線 ・ 武蔵野市 | 383,705人2024年度 |
| 39 | 中目黒駅東京メトロ日比谷線・東急東横線 ・ 目黒区 | 381,738人2024年度 |
| 40 | 柏駅JR常磐線・東武野田線 ・ 柏市 | 379,914人2024年度 |
| 41 | 五反田駅都営浅草線・東急池上線・JR山手線 ・ 品川区 | 375,542人2024年度 |
| 42 | 船橋駅JR総武本線・東武野田線 ・ 船橋市 | 375,104人2024年度 |
| 43 | 大井町駅臨海副都心線・東急大井町線・JR東海道本線 ・ 品川区 | 366,901人2024年度 |
| 44 | 新横浜駅東急新横浜線・JR横浜線・東海道新幹線 ほか ・ 横浜市 | 362,683人2024年度 |
| 45 | 恵比寿駅東京メトロ日比谷線・JR山手線 ・ 渋谷区 | 356,771人2024年度 |
| 46 | 西日暮里駅東京メトロ千代田線・都営日暮里・舎人ライナー・JR東北本線 ・ 荒川区 | 353,501人2024年度 |
| 47 | 日暮里駅京成電鉄 京成本線・都営日暮里・舎人ライナー・JR常磐線 ほか ・ 荒川区 | 348,027人2024年度 |
| 48 | 難波駅Osaka Metro御堂筋線・Osaka Metro四つ橋線・Osaka Metro千日前線 ・ 大阪市 | 346,418人2024年度 |
| 49 | 和光市駅東京メトロ有楽町線・東武東上本線 ・ 和光市 | 343,898人2024年度 |
| 50 | 鶴橋駅Osaka Metro千日前線・JR大阪環状線・近鉄大阪線 ・ 大阪市 | 342,024人2024年度 |
| 51 | 九段下駅東京メトロ半蔵門線・東京メトロ東西線・都営新宿線 ・ 千代田区 | 316,139人2019〜2024年度 |
| 52 | 登戸駅小田急小田原線・JR南武線 ・ 川崎市 | 316,047人2024年度 |
| 53 | 飯田橋駅東京メトロ東西線・東京メトロ南北線・東京メトロ有楽町線 ほか ・ 千代田区 | 314,792人2024年度 |
| 54 | 国分寺駅JR中央本線・西武国分寺線・西武多摩湖線 ・ 国分寺市 | 313,511人2024年度 |
| 55 | 立川駅JR中央本線・JR南武線・JR青梅線 ・ 立川市 | 308,182人2024年度 |
| 56 | 錦糸町駅東京メトロ半蔵門線・JR総武本線 ・ 墨田区 | 299,028人2024年度 |
| 57 | 新木場駅東京メトロ有楽町線・臨海副都心線・JR京葉線 ・ 江東区 | 296,274人2024年度 |
| 58 | 四ツ谷駅東京メトロ丸ノ内線・東京メトロ南北線・JR中央本線 ・ 千代田区 | 295,458人2024年度 |
| 59 | 淀屋橋駅京阪電気鉄道 京阪本線・Osaka Metro御堂筋線 ・ 大阪市 | 293,334人2024年度 |
| 60 | 大崎駅臨海副都心線・JR山手線 ・ 品川区 | 290,388人2024年度 |
| 61 | 市ヶ谷駅東京メトロ南北線・東京メトロ有楽町線・都営新宿線 ほか ・ 千代田区 | 279,416人2024年度 |
| 62 | 名鉄名古屋駅名鉄名古屋本線 ・ 名古屋市 | 278,919人2024年度 |
| 63 | 海老名駅小田急小田原線・JR相模線・相模鉄道 相鉄本線 ・ 海老名市 | 275,368人2024年度 |
| 64 | 松戸駅新京成電鉄 新京成線・JR常磐線 ・ 松戸市 | 273,339人2024年度 |
| 65 | 代々木上原駅小田急小田原線・東京メトロ千代田線 ・ 渋谷区 | 269,075人2024年度 |
| 66 | 仙台駅仙台市地下鉄南北線・仙台市地下鉄東西線・JR仙山線 ほか ・ 仙台市 | 267,943人2024年度 |
| 67 | 浜松町駅JR東海道本線 ・ 港区 | 267,804人2024年度 |
| 68 | 長津田駅東急こどもの国線・東急田園都市線・JR横浜線 ・ 横浜市 | 253,341人2018〜2024年度 |
| 69 | 田町駅JR東海道本線 ・ 港区 | 251,710人2024年度 |
| 70 | 荻窪駅東京メトロ丸ノ内線・JR中央本線 ・ 杉並区 | 250,115人2024年度 |
| 71 | 豊洲駅東京臨海新交通臨海線・東京メトロ有楽町線 ・ 江東区 | 246,184人2024年度 |
| 72 | 戸塚駅JR東海道本線・横浜市営地下鉄1号線 ・ 横浜市 | 241,674人2024年度 |
| 73 | 小田原駅伊豆箱根鉄道 大雄山線・小田急箱根 鉄道線・小田急小田原線 ほか ・ 小田原市 | 239,776人2018〜2024年度 |
| 74 | 三ノ宮駅JR東海道本線 ・ 神戸市 | 239,340人2024年度 |
| 75 | 神田駅東京メトロ銀座線・JR中央本線・JR東北本線 ・ 千代田区 | 237,297人2024年度 |
| 76 | 千葉駅千葉都市モノレール 1号線・千葉都市モノレール 2号線・JR外房線 ほか ・ 千葉市 | 236,596人2024年度 |
| 77 | 御茶ノ水駅東京メトロ丸ノ内線・JR中央本線・JR総武本線 ・ 千代田区 | 231,276人2024年度 |
| 78 | 銀座駅東京メトロ日比谷線・東京メトロ銀座線・東京メトロ丸ノ内線 ・ 中央区 | 230,271人2024年度 |
| 79 | 下北沢駅京王井の頭線・小田急小田原線 ・ 世田谷区 | 229,107人2024年度 |
| 80 | 武蔵小杉駅JR東海道本線 ・ 川崎市 | 226,904人2024年度 |
| 81 | 日吉駅東急新横浜線・東急東横線・横浜市営地下鉄4号線 ・ 横浜市 | 226,673人2024年度 |
| 82 | 難波駅南海電気鉄道 南海本線 ・ 大阪市 | 225,409人2024年度 |
| 83 | 大和駅小田急江ノ島線・相模鉄道 相鉄本線 ・ 大和市 | 221,306人2024年度 |
| 84 | 新今宮駅南海電気鉄道 南海本線・JR大阪環状線・JR関西本線 ・ 大阪市 | 219,642人2024年度 |
| 85 | 日本橋駅東京メトロ銀座線・東京メトロ東西線・都営浅草線 ・ 中央区 | 216,753人2024年度 |
| 86 | 大船駅JR東海道本線・JR根岸線・JR横須賀線 ほか ・ 鎌倉市 | 213,714人2024年度 |
| 87 | 栄駅名古屋市営地下鉄東山線・名古屋市営地下鉄名城線 ・ 名古屋市 | 211,709人2024年度 |
| 88 | 橋本駅京王相模原線・JR横浜線・JR相模線 ・ 相模原市 | 210,749人2024年度 |
| 89 | 神戸三宮駅阪急神戸線・阪急神戸高速線・阪神電気鉄道 阪神本線 ・ 神戸市 | 208,599人2024年度 |
| 90 | 本町駅Osaka Metro御堂筋線・Osaka Metro四つ橋線・Osaka Metro中央線 ・ 大阪市 | 206,138人2024年度 |
| 91 | 神保町駅東京メトロ半蔵門線・都営新宿線・都営三田線 ・ 千代田区 | 203,106人2024年度 |
| 92 | 新宿三丁目駅東京メトロ副都心線・東京メトロ丸ノ内線・都営新宿線 ・ 新宿区 | 199,171人2024年度 |
| 93 | 浅草駅東京メトロ銀座線・都営浅草線・東武伊勢崎線 ・ 台東区 | 197,745人2024年度 |
| 94 | 溝の口駅東急田園都市線 ・ 川崎市 | 195,762人2024年度 |
| 95 | 川越駅JR川越線・東武東上本線 ・ 川越市 | 189,564人2024年度 |
| 96 | 赤羽駅JR東北本線・JR赤羽線 ・ 北区 | 188,334人2024年度 |
| 97 | 巣鴨駅都営三田線・JR山手線 ・ 豊島区 | 188,319人2024年度 |
| 98 | 中央林間駅小田急江ノ島線・東急田園都市線 ・ 大和市 | 187,009人2024年度 |
| 99 | 六本木駅東京メトロ日比谷線・都営大江戸線 ・ 港区 | 183,792人2024年度 |
| 100 | 水道橋駅都営三田線・JR中央本線 ・ 文京区 | 182,490人2024年度 |